市水务局设9个职能科（室）

（一）办公室
　　 协助局领导对各科室工作进行综合协调，组织机关日常工作；承办水利信息、督促检查、文秘、档案、保密、宣传、信访及重大会议组织，负责机关内部规章制度建设、机关财务、后勤行政及内部保卫工作。
（二）水政水资源科
　　 负责水利行业法规的执行和水利执法工作；负责水资源统一管理保护和节约用水工作；负责组织实施取水许可制度和水资源的征收使用管理；研究提出全市水利方面的政策；实施指导水政监察和水行政执法工作；协调监督水土保持和渔政执法工作；承办县市区间水事纠纷协调的有关工作；承办本局行政诉讼，行政复议工作和普法教育工作。承办市水资源管理委员会的日常工作。
（三）规划基建科
　　 拟定全市水利发展战略、中长期发展规划；编制上报年度基本建设计划；组织拟定水长期供求计划；承办水利基建项目和引进外资项目建议书和可行性报告及初步设计等前期工作的管理和审查上报工作；组织编制市内水流域综合规划和专项规划；按照流域规划的要求，对水利工程建设（含水电站）的选址、库容规划扣出意见。负责全市水利工程的建设管理，组织水利基本建设工程的建设（质量、进度、投资控制）和验收；指导全市水利工程的质量监督、建设监理和设备监造工作；负责水利行业招投标活动的监督执法；指导基本建设工程的安全工作。指导全市水利行业的水电管理工作，组织协调全市农村水电电气化工作。
（四）计划财务科
　　 对全市水利资金的使用进行监督管理；研究提出有关城乡供水、水电价格、财务调节意见，对收费制度、标准进行统筹管理；编制小型农田水利、水土保持补助费和水利水产事业费预决算；指导全市水利行业的财务、会计工作，负责财务人员培训工作；管理局属单位的国有资产及内部财务审计；负责水利综合统计工作。
（五）管理渔业科
　　 负责全市大中型水库、万亩灌区灌站、灌排骨干工程及水域、岸线的管理保护；组织对大中型水利工程的防洪安全管理；组织指导水库、水电站大坝的安全监督工作；指导大中型水利工程的供水管理；组织拟定并实施万亩灌区灌站及灌排骨干工程发展规划和农水配套、更新改造计划。负责编制全市渔业发展规划和年度计划；对有关渔业法律、法规的执行实施执法监督；保护和合理开发渔业资源；组织协调渔业生产、科研、技术推广工作；承办全市水产统计工作。
（六）农村水利科
　　 负责全市农村水利工作。研究提出农村水利的政策、发展战略和发展规划；负责全市乡镇供水、农村饮水、农村节约用水、节水灌溉、井灌区建设和小型农田水利工程建设与管理的指导工作；组织拟定山丘区水利发展规划；负责农村水利社会化服务体系建设和农田水利工程管理制度建设；负责全市水利员队伍和凿井队伍管理。
（七）防汛抗旱办公室
　　 承担防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全市防汛抗旱工作；负责编制全市防汛预案，对大、中型水库和重要水利工程实施防汛抗旱调度。组织指导主要河道、河岸滩涂的综合治理与开发；协调解决河道水事纠纷，负责河道工程维护管理费的征收。
（八）水土保持科
　　 负责全市水土保持工作，按《水土保持法》协调水土流失综合治理；拟定水土保持工程措施规划并组织实施；组织实施全市水土保持国家级和省级重点治理区的工作；组织水土流失监测；对有关水土保持法律法规的执行实施监督；负责全市水土流失补偿费和治理费的征收；承办市水土保持委员会日常工作。
（ 九）人事科教科
　　 负责局机关和局属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、社会保险工作；负责局属单位局管干部的管理；承办全市水利行业；局属单位的职称评聘工作，指导全市水利系统职工队伍建设、劳动保护、安全生产工作。负责全市水利科技及教育工作，拟定全市水利科学技术发展规划；组织全市水利上科学研究工作和科研成果的鉴定工作，指导技术推广工作；组织拟定和监督实施水利行业技术质量标准和规程、规范；负责干部职工的培训教育；承办全市水利方面的涉外事宜，组织水利行业对外经济、技术合作与交流。